Un approccio computazionale molto usato sia nella scienza dei materiali che nello studio di biomolecole è la dinamica molecolare(MD). Con questo metodo viene seguita passo per passo e simulata in dettaglio la dinamica del sistema. Le simulazioni MD di sistemi complessi possono essere assai dispendiose ma l’incremento di prestazioni dei computer da una parte, il raffinamento del metodo e degli algoritmi dall’altro, hanno reso possibili calcoli impensabili fino a pochi anni fa. Di conseguenza, le simulazioni MD possono dare informazioni molto dettagliate su fenomeni su scala nano e micro.

Nel gruppo di ricerca M3 del Laboratorio per la matematica e fisica nell'Ingegneria, la tecnica MD è stata utilizzata soprattutto nell’ambito del riconoscimento molecolare studiando interazioni tra proteine, DNA e farmaci fornendo un aiuto nel design di nanovettori per il rilascio controllato di farmaci.