Anche in questo caso è necessario suddividere tra le competenze che rimangono presso le direzioni delle unità SUPSI e quelle che sono invece state assorbite dalla Direzione, tra cui in particolare:

• il conteggio salario regolare per ca. 500 persone, incl. certificato di salario e dichiarazioni AVS di fine anno;
• la registrazione contabile di stipendi, onorari e oneri sociali secondo le regole del modello di contabilità analitica;
• la preparazione, la gestione e l'attualizzazione di tutti i contratti di lavoro;
• l'allestimento di dossier personali per ogni collaboratore e la tenuta a giorno di una banca dati informativa centrale;
• la gestione dei rapporti con l'Istituto di Assicurazioni Sociali, le due Casse pensioni (dello Stato e l'Istituto collettore), l'assicurazione che copre i casi di malattia e infortunio e con i diversi Uffici cantonali (Ufficio stranieri per i permessi di lavoro, Ufficio imposta alla fonte ecc.);
• il controllo della tenuta a giorno regolare, nei dipartimenti e negli istituti, di presenze, assenze, vacanze, malattie e infortuni nelle singole unità;
• l'organizzazione del rilevamento delle attività, in particolare per i collaboratori RST;
• la preparazione di nuovi regolamenti e direttive per la gestione del personale;
• l'inoltro delle richieste di permessi di lavoro (preparati dai servizi amministrativi delle varie unità SUPSI).

Anche in tale ambito è indispensabile uno stretto contatto con i Servizi amministrativi delle unità SUPSI, che devono fornire le indicazioni relative a nuovi collaboratori, modifiche di contratti, assenze per malattie e infortuni, richieste per permessi di lavoro ecc.

A partire dall'anno 2000 devono poi essere fornite all'Ufficio federale di statistica informazioni puntuali relative al personale attivo nella SUPSI e le prestazioni che esso svolge nei campi della formazione di base, della formazione continua, della ricerca, dei servizi e dell'amministrazione in generale, riprendendo in sostanza le linee guida del modello di contabilità analitica.