Progetti

Progetti in corso 2018

  •  Identificazione di bateriofagi - In collaborazione con il Laboratorio di microbiologia degli alimenti dell’ETH di Zurigo (E. Goméz-Sanz) -  Questo progetto è incentrato sui batteriofagi di Stafilococchi non emolitici. Grazie alla nostra collezione abbiamo potuto fornire dei ceppi ben caratterizzati per l’isolamento di fagi litici e temperati da usare nell’ambito dell’igienizzazione degli alimenti. Nell’ambito dei batteriofagi, è stato redatto un articolo scientifico inerente al ruolo dei batteriofagi nella diffusione dei geni di resistenza tra ceppi di Aeromonas ambientali che però richiede, secondo i revisori, di essere rivisto prima della possibile pubblicazione.
  • Controllo culture vegetative per produyione di formaggio - Sono proseguite le analisi per l’Ufficio della consulenza agricola (UCA) per la determinazione settimanale del rapporto di lattobacilli e streptococchi in colture vegetative che servono da inoculi per i caseifici del Cantone Ticino; questo servizio regolare permette all’UCA di avere un controllo di qualità degli inoculi che vengono distribuiti sul territorio ticinese nell’ambito della produzione casearia.
  • Analisi pesci - Su incarico dell’Ufficio della Caccia e della Pesca tramite mandato annuale, LMA ha eseguito varie analisi per la ricerca di flavobatteri in pesci provenienti da pescicolture e la successiva analisi di sensibilità agli antibiotici. Anche questo servizio rientra nell’ambito dei patogeni che possono sviluppare resistenze agli antibiotici in ambito idrico. La conoscenza dei meccanismi di proliferazione e lo spettro delle resistenze agli antibiotici di questi germi problematici sono di fondamentale importanza. A fine 2018 è stato sottoposto un progetto di ricerca volto a migliorare le tecniche di identificazione e di tipizzazione di questi batteri patogeni che potrebbe essere implementato nel 2019.
  • Tassonomia ifomiceti acquatici - Nel 2018, l’analisi tassonomica della specie di ifomiceti acquatici Tetracladium marchalianum è proseguita con un confronto di diversi ceppi europei (Francia, Germania, Portogallo, Svezia). La redazione di una pubblicazione scientifica è in corso.
  • Determinazione tassonomica di gruppi di fitoplancton responsabili della produzione di micro perle - La collaborazione con il gruppo di limnologia e geomicrobiologia (Sezione scienze della Terra, Università di Ginevra) è proseguita con la redazione di una pubblicazione scientifica. Quest’articolo sarà sottomesso nel corso del 2019.
  • Determinazione Enterobactriaceae da rizosfera di piante desertiche - Nel 2018, il LMA è stato contattato dall’Università di scienze e tecnologie King Abdullah (Dr. Maged Saad, Arabia Saudita). Una collaborazione è iniziata per la determinazione di ceppi batterici della famiglia Enterobacteriaceae. Titolo del progetto: “MALDI-TOF MS analysis of potential plant growth-promoting bacteria, isolated from different arid regions”. Le analisi sono state terminate nel 2018 ed un rapporto completo è stato redatto ed inviato ad inizio 2019. È prevista la pubblicazione dei risultati in un articolo scientifico.
  • Aggiornamento banchedati di identificazione - Nel 2016, l’UFAM ha finanziato il LMA per l’acquisizione di un apparecchio MALDI-TOF MS Microflex Biotyper della ditta Bruker Daltonics. Oltre alla banca dati classica contenente diversi batteri e lieviti clinici, ambientali ed alimentari, sono state incluse 3 banche dati per l’identificazione di funghi filamentosi, micobatteri e organismi di gruppo 3. Durante l’anno 2018 le banche dati attuali sono state completate con la creazione di spettri di referenza da usare per l’identificazione di uova di zanzare. Prima di essere applicato per le identificazioni di routine, il sistema necessita ancora di alcuni test di validazione che sono iniziati con la nuova stagione estiva del 2019
  • Saprolegnia - Nel giugno 2018 è terminato il progetto Saprolegnia, iniziato il 15 dicembre 2015. Saprolegnia è un oomicete patogeno secondario comune nei pesci che normalmente non provoca morie. Tuttavia, negli ultimi tre anni, epidemie di Saprolegnia nel fiume Doubs e in altri corsi d’acqua svizzeri hanno causato un aumento di mortalità nei pesci. Ceppi di Saprolegnia parasitica responsabili delle elevate mortalità sono stati tipizzati per mezzo di caratteristiche molecolari (multilocus sequence typing). L’analisi ha permesso di determinare diversi genotipi di Saprolegnia parasitica e la loro distribuzione nei bacini fluviali svizzeri. Il rapporto finale è stato consegnato nel giugno 2018 e i risultati pubblicati in una rivista scientifica (Ravasi et al., 2018). Il progetto era una collaborazione tra LMA e l’Università di Berna (NAFUS, FIWI, Vetsuisse Fakultät), ed è stato finanziato da vari enti (BAFU, diversi cantoni e associazioni private di pescatori). Per la raccolta di campioni in Ticino, LMA ha collaborato inoltre con l’Ufficio della Caccia e della Pesca.
  • Muffe negli edifici (muffe indoor): studio delle popolazioni fungine in vari ambienti abitati e variazioni secondo le stagioni - Le muffe presenti negli edifici, indicate come muffe indoor, sono considerate una delle principali cause di asma e altre malattie respiratorie, generando costi elevati per la salute pubblica. La loro crescita è legata all'umidità presente negli ambienti costruiti. Infatti, a seconda dell’umidità presente all'interno delle case possono svilupparsi diversi gruppi di muffe. Altri fattori che contribuiscono a determinare la popolazione di muffe negli ambienti costruiti sono i materiali e le tecnologie utilizzate per la loro costruzione, nonché le condizioni climatiche a cui sono sottoposti. Il contatto tra essere umano e muffe indoor avviene principalmente attraverso la respirazione. La presenza di muffe porta alla formazione di complessi bioaerosol composti da spore, frammenti di ife e composti organici volatili che si diffondono nell'aria.
    Il progetto ha come obiettivo la realizzazione di uno studio pilota per determinare le popolazioni di funghi in ambienti costruiti ed abitati nel sud delle Alpi. Sarà condotto su tre tipi di abitazioni: i) una con problemi di umidità e presenza visibile di muffe; ii) una senza problemi visibili; iii) una casa di tipo "Minergie", con un sistema di ventilazione controllata. Verranno effettuati quattro campioni di aria / polvere nel corso di un anno (uno per stagione), ciascuno comprendente: i) due mesi di campionamento della polvere al suolo, tenendo conto degli angoli dove le muffe si sviluppano facilmente; iii) un campionamento tramite strisci su zone con visibile sviluppo di muffe. Per l'identificazione delle diverse popolazioni a livello di genere e specie, verrà utilizzato il sequenziamento di ultima generazione Illumina (iSeq), seguito da un'analisi bioinformatica per lo studio delle popolazioni.
    Il progetto è iniziato nel 2019 con diversi test preliminari. I quattro campionamenti saranno eseguiti tra ottobre 2019 e agosto 2020.
  • Influsso di fattori ambientali e fisiologici sul micobioma di formaggi tradizionali ticinesi - I formaggi tradizionali ticinesi a pasta semidura si distinguono per la presenza di muffe (prevalentemente funghi filamentosi) sulla loro superficie, che danno loro un aspetto caratteristico. La funzione di queste muffe durante il processo di maturazione non è del tutto chiara, ma si ritiene che possano contribuire allo sviluppo di aromi particolari e modificare la consistenza della pasta grazie alla produzione di enzimi lipolitici e proteolitici. La biodiversità delle muffe di alcuni formaggi a pasta morbida quali Brie, Camembert e Roquefort è stata studiata da vari autori, ma ben poco conosciuto sulle muffe dei formaggi tradizionali ticinesi: lavori preliminari (L. Petrini e O. Petrini, non pubblicato) hanno mostrato la presenza di un numero limitato, circa una decina, di specie di ascomiceti filamentosi che si ritrovano costantemente.
    Questo progetto si prefigge di analizzare il micoboma (specie fungina) presente sulla crosta di formaggi tradizionali ticinesi. Lo studio pilota propone di degli alpeggi, con formaggi a latte vaccino e misto (caprino e vaccino) a pasta semidura, per determinare il micobioma delle croste di formaggio. Per ogni alpeggio analizzeremo due forme di formaggio. Il micobioma sarà studiato usando: i) metodi classici, con coltura diretta di muffe, seguita da identificazione morfologica; ii) metodi molecolari basati sul sequenziamento di specifiche regioni di DNA per l'identificazione di muffe non riconosciute con metodi classici e proteomici; iii) metodi proteomici basati sulla spettrometria di massa MALDI-TOF, che consente la rapida identificazione degli organismi dopo il confronto dei loro profili proteici con una banca dati esistente .; iv) Metabarcoding (sequenziamento di ultima generazione, iSeq Illumina) che consente la determinazione di tutte le popolazioni di funghi presenti in un singolo campione. I campionamenti sono stati eseguiti durante l'estate e la fine dell'estate 2019. L'analisi è in corso e proseguirà fino al 2020.

 

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