Progetti

Progetti in corso 2018

  • Determinazione tassonomica di gruppi di fitoplancton responsabili della produzione di micro perle - La collaborazione con il gruppo di limnologia e geomicrobiologia (Sezione scienze della Terra, Università di Ginevra) è proseguita con la redazione di una pubblicazione scientifica. Quest’articolo sarà sottomesso nel corso del 2019.
  • Aggiornamento banche dati di identificazione - Aggiornamento continuo oltre che della banca dati classica contenente diversi batteri e lieviti clinici, ambientali ed alimentari, anche di quelle per l’identificazione di funghi filamentosi, organismi di gruppo 3 e di uova di zanzare. Prima di essere applicato per le identificazioni di routine, il sistema necessita di test di validazione.

  • Miglioramento delle tecniche di rilevamento, quantificazione e tipizzazione di Flavobacterium psychrophilum - Al fine di migliorare l’isolamento in coltura di F. psychrophilum, si stanno testando alcuni terreni e brodi di coltura alternativi alla procedura finora utilizzata. In concomitanza stiamo studiando quali siano i campioni patologici più adatti al reperimento precoce di questi batteri (lesioni della pelle, milze, zona craniale e vertebre superiori). Stiamo inoltre valutando una nuova procedura di quantificazione della presenza di F. psychrophilum sia nell’acqua sia nei pesci (portatori cronici o non ancora sintomatici) tramite qPCR quantitativa. Valutiamo anche se la ricerca della sequenza di inserzione IS256 permette di stabilire rapidamente l’appartenenza dei ceppi ai complessi clonali epidemici. Lo scopo è quello di individuare quali parametri microbiologici indicano precocemente l’insorgenza di infezioni così che il loro monitoraggio permetterà gli interventi preventivi più adatti a limitare l’insorgere e il diffondersi di un’epidemia.

  • Whole-genome sequencing (WGS) - Stiamo allestendo la procedura di analisi che permette di studiare la composizione nucleotidica dell’intero genoma di un microrganismo. La metodologia è stata applicata per la caratterizzazione del contenuto plasmidico di un ceppo batterico multi-resistente isolato dall’ambiente.

  • Metagenomica - Stiamo mettendo a punto la metodologia necessaria per l’identificazione di tutti i componenti di una comunità microbica, incluse le specie non coltivabili e quelle rare, attraverso lo studio dell’insieme dei genomi presenti in matrici diverse. L’analisi metagenomica permette la caratterizzazione tassonomica e funzionale delle comunità microbiche ed è stata applicata allo studio della comunità di una sorgente di acqua che presentava alte concentrazioni di ioni metallici.

  • Metabarcoding - Il metabarcoding è il sequenziamento massivo in parallelo di una specifica regione target (es. 16S rRNA nei batteri e ITS nei funghi) di ampliconi ottenuti utilizzando primer universali specifici per un determinato gruppo tassonomico. L’affinamento delle procedure di estrazione e amplificazione del DNA da svariate matrici e la definizione del flusso delle analisi bioinformatiche permetterà di stabilire la composizione tassonomica delle comunità microbiche. Il metabarcoding è in corso di applicazione per lo studio tassonomico degli ifomiceti acquatici, delle muffe negli ambienti abitativi e dei formaggi tradizionali, dei microrganismi responsabili del degrado dei manufatti e del microbioma del rumine.

  • Editing del genoma batterico attraverso il sistema CRISPR/Cas9 - Per editing del genoma si intende la possibilità di modificare o sostituire con grande precisione piccole parti della sequenza del DNA degli organismi viventi. Il progetto in corso si prefigge di inserire le sequenze di proteine fluorescenti nel genoma di batteri ambientali utilizzando il sistema CRISPR/Cas9. I batteri fluorescenti potranno essere utilizzati ad esempio per monitorare in laboratorio la formazione di biofilm, la crescita in miscugli, la colonizzazione di superfici e la predazione.

Contatti
st.wwwsupsi@supsi.ch