L'Istituto dispone di strutture (laboratori BSL2, BSL3 e laboratori per le attività in collaborazione con il Gruppo cantonale lotta alle zanzare) a Bellinzona e Mendrisio nelle quali le collaboratrici ed i collaboratori sono in grado di svolgere ricerche ed offrire servizi e formazione negli ambiti della biosicurezza, della lotta ai vettori di agenti patogeni, dell'ecologia microbica e dell'identificazione e tipizzazione di microrganismi. Grazie alla ricerca di base in ambito microbiologico, le competenze tecniche e scientifiche sono continuamente aggiornate a favore di progetti in microbiologia applicata che possono così avvalersi delle metodologie più attuali per le analisi di microbiologia classica, molecolare e di proteomica.

In quest'ottica, l'Istituto si offre come supporto a tutte le attività che coinvolgono i microrganismi sia all'interno della SUPSI che sul territorio.

Le collaboratrici ed i collaboratori sono coinvolti attivamente nella formazione. L'IM ospita regolarmente studenti provenienti da università svizzere ed estere ed offre loro un inquadramento scientifico e logistico per la realizzazione di lavori di semestre, di diploma (Bachelor e Master) o di dottorato. L'IM svolge pure un ruolo nella formazione professionale (apprendistato) e quale supporto al livello medio superiore (liceo e scuola di commercio) nell’ambito della microbiologia. Con il Centro Biologia Alpina di Piora, l'Istituto microbiologia organizza corsi in collaborazione con istituti universitari e cantonali, promuovendo sinergie accademiche e di ricerca.