La ricerca permette all'istituto di microbiologia (IM) un continuo aggiornamento conoscitivo e tecnico che può così essere messo al servizio di progetti applicati interni o richiesti da terzi quali l'identificazione rapida di microrganismi, il depistaggio di contaminanti microbici in processi produttivi, le analisi di conferma di microrganismi patogeni, l'analisi qualitativa e quantitativa di microrganismi patogeni e ambientali in diverse matrici, o il "fingerprinting" molecolare per applicazioni epidemiologiche quali la determinazione dell'origine delle contaminazioni.

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