Questo settore si occupa studio della diversità microbica nei diversi ecosistemi e dell'effetto che questi hanno sull'ambiente. Include soprattutto lo studio dei cicli biogeochimici e della biodiversità principalmente in ecosistemi acquatici come laghi e fiumi nei quali i microrganismi influenzano in modo determinante il riciclo delle sostanze. In questo ambito l’IM collabora con diversi istituti internazionali, nazionali e internamente con l’Istituto scienze della Terra.

Molto importante la collaborazione con il Centro di Biologia Alpina (CBA) per il quale forniamo supporto tecnico/scientifico soprattutto per le tematiche legate alla microbiologia. Infatti, negli ultimi anni il CBA può disporre di un laboratorio, con strumenti all’avanguardia nello studio dell’ecologia microbica, e di un collaboratore scientifico altamente qualificato, fornendo di fatto un servizio di primissima qualità sia di ricerca scientifica che di divulgazione generale.

Inoltre, il Gruppo di Ecologia Microbica è anche attivo sotto il cappello dell'Università di Ginevra, nell'Unità di Microbiologia, fornendo differenti corsi teorici e pratici soprattutto per gli studenti di Bachelor in biologia. Inoltre questa affiliazione permette di svolgere tesi di master e/o dottorato in microbiologia, di organizzare corsi teorici e pratici in collaborazione con istituti universitari e scuole cantonali e nazionali, promuovendo sinergie accademiche e di ricerca.