La ricerca permette al settore Igiene e ambiente un continuo aggiornamento conoscitivo e tecnico che può così essere messo al servizio di progetti applicati interni o richiesti da terzi quali:

• L'identificazione rapida di microrganismi
• La ricerca di contaminanti microbici in processi produttivi
• Le analisi di conferma di microrganismi patogeni
• L'analisi qualitativa e quantitativa di microrganismi patogeni e ambientali in diverse matrici
• Il "fingerprinting" molecolare per applicazioni epidemiologiche quali la determinazione dell'origine delle contaminazioni

Seguendo le direttive di qualità in vigore nell’Istituto, il settore offre le seguenti prestazioni:

• Isolamento di batteri, lieviti o funghi filamentosi (muffe) a partire da vari campioni, tramite messa in coltura su terreni specifici
• Identificazione rapida, tramite spettrometria di massa MALDI-TOF, di batteri, lieviti o funghi filamentosi
• Identificazione molecolare di microorganismi tramite sequenziamento di regioni specifiche di DNA o RNA
• Amplificazione specifica di regioni di DNA o RNA, tramite PCR (Polymerase Chain Reaction)
• Identificazione di microorganismi specifici tramite amplificazione di DNA o RNA in tempo reale (Real Time PCR)
• Su richiesta, consulenze personalizzate per indagini ambientali legate alla microbiologia (campionamenti in vari ambienti o su strumenti specifici, analisi di nuovi organismi tramite spettrometria di massa MALDI-TOF, uso del sequenziamento di nuova generazione per studi di popolazioni, ecc).

Indagini ambientali svolte attualmente dal settore Igiene e ambiente:
Microbiologia applicata all’ambiente naturale e costruito

• Analisi di campioni di aria o acqua per la quantificazione di batteri, lieviti o funghi filamentosi
• Determinazione della resistenza di batteri a specifici antibiotici, tramite test di diffusione su disco (antibiogramma)
• Rilevamento di vari geni responsabili della resistenza agli antibiotici, a partire da colture batteriche o campioni di acqua
• Analisi di superfici (muri, opere d’arte, banconi da lavoro, ecc) per il rilevamento e l’identificazione di microorganismi come batteri, lieviti o muffe
• Rilevamento dei funghi xilofagi Coniophora puteana e Serpula lacrymans
• Identificazione rapida di uova di zanzare (genere Aedes) tramite spettrometria di massa MALDI-TOF

Microbiologia applicata all’ambiente animale 

• Rilevamento diretto di batteri del genere Flavobacterium in pesci, tramite ibridazione fluorescente in situ (Fluorescence In Situ Hybridization, FISH)
• Ricerca di batteri patogeni in pesci, tramite colture su terreni specifici, identificazioni tramite spettrometria di massa MALDI-TOF e determinazione delle loro resistenze a vari antibiotici
• Rilevamento del fungo patogeno Ophidiomyces ophidiicola in campioni di serpenti, tramite spettrometria di massa MALDI-TOF (dopo isolamento del ceppo su terreni specifici) o amplificazione specifica del DNA (PCR, real time PCR)
• Rilevamento di batteri del genere Mycoplasma in campioni di rettili (tamponi e organi), tramite amplificazioni specifiche del DNA (PCR) e sequenziamento
• Rilevamento di agenti virali (Adenovirus, Herpesvirus e Rana virus) in campioni di anfibi e rettili (tamponi e organi), tramite amplificazioni specifiche del DNA (PCR) e sequenziamento 
• Ricerca e selezione di virus batteriofagi per combattere infezioni negli animali

Microbiologia applicata all’ambiente umano

• Identificazione di batteri del microbioma umano tramite spettrometria di massa MALDI-TOF
• Identificazione di batteri del genere Legionella tramite spettrometria di massa MALDI-TOF

Varia

• Colture vegetative usate per la fabbricazione del formaggio: determinazione settimanale del rapporto fra lactobacilli e lactococchi-streptococchi, mediante analisi microscopica

La lista delle procedure del settore Igiene e ambiente è in continua evoluzione, poiché si basa su richieste personalizzate, su situazioni ambientali specifiche e sui risultati che derivano da progetti di ricerca.