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L'Istituto collabora con il Gruppo di Ecologia microbica dell'Unità di Microbiologia dell'Università di Ginevra condividendo progetti di ricerca e lavori di master e dottorato. L'Istituto funge anche da supporto scientifico al Centro Biologia Alpina di Piora (CBA) per attività legate alla microbiologia ambientale. In collaborazione con il CBA si organizzano corsi in collaborazione con istituti universitari e cantonali, promuovendo sinergie accademiche e di ricerca.

Il settore Biosicurezza, con il Laboratorio Regionale Sud, è parte integrante della RLN. Questa rete comprende sei laboratori regionali, i Centri nazionali di referenza e laboratori di alta sicurezza (Istituto di virologia e immunologia, Centro nazionale di riferimento per i batteri altamente patogeni, Labor Spiez, Centro nazionale di referenza per le infezioni virali emergenti), gli Uffici federali (UFSP, USAV, UFAM, METAS) e la Commissione federale per la sicurezza biologica.  

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Collaborazione pluriennale con il Laboratorio di Spiez per progetti legati agli agenti altamente patogeni e tossine, come la sorveglianza di arbovirus in zanzare o progetti di ricerca per lo sviluppo ed implementazione di metodi veloci, affidabili e sensibili per il rilevamento di tossine biologiche che possono essere usate come "armi" bioterroristiche o di rilevanza per il settore alimentare, o di virus altamente patogeni e fattori di dipendenza dall'ospite ai fini della diagnostica e della scoperta e sviluppo di agenti antivirali.

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Collaborazione pluriennale con l'Ufficio del medico cantonale e l'Ufficio del veterinario cantonale per l'elaborazione e attuazione di strategie per tutelare la salute sia umana che animale qualora fosse messa a rischio da malattie trasmesse da vettori. Collaboriamo attivamente con la Sezione della protezione dell'aria dell'acqua e del suolo (SPAAS) per la valutazione di possibili minacce riscontrabili sul territorio cantonale a seguito di potenziali eventi biologici e per l'allestimento di protocolli per la gestione degli eventi.

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Collaborazione con l'Istituto Zooprofilattico sperimentale della Lombardia e dell'Emilia Romagna nell'ambito di tematiche legate ai cambiamenti nelle ecologie degli insetti vettori e al loro impatto sulla salute umana, animale e ambientale in un'ottica "One Health". Nello specifico ci occupiamo delle interazioni tra insetti, ospiti e ambiente approfondendo le conoscenze sulle caratteristiche stagionali delle zoonosi e l’impatto sull’epidemiologia, ecologia e distribuzione di alcuni arbovirus (WNV, USUV, TBEV, ecc.) e di virosi esotiche o neglette (DENV, ZIKV, CHIKV, CCHFV, ecc.). Ciò permette di elaborare valutazioni gestionali significative e fornire indicazioni operative agli operatori coinvolti, favorendo lo sviluppo di sistemi di allerta precoce rafforzando la cooperazione transfrontaliera e migliorando la salute pubblica nella regione. 

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Collaborazione con l'Institute of Agrifood Research and Technology in progetti di ricerca finanziati dalla Commissione Europea (HorizonEurope) che si occupano di aspetti legati alla prevenzione e diffusione di malattie causate da agenti patogeni trasmessi all'uomo e studio sulla ecologia dei loro vettori (artropodi). In particolare, metodi di rilevamento precoce del West Nile virus, analisi filogenetiche delle specie di zanzara raccolte in campo, previsione del rischio attraverso modelli matematici, supporto tecnico scientifico. 

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In collaborazione con il Dr. Hans-Joachim Nägele e il Dr. Rolf Warthmann della ZHAW Life Science Department, esperti nella ricerca sulla digestione anaerobica e partner di progetto di lunga data.

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In collaborazione con il Prof. Fabian Fischer della HES-SO Valais-Wallis – Haute École d'Ingénierie, lavoriamo insieme nella ricerca sulle celle a combustibile microbiche.

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In collaborazione con la Prof.ssa Orlandi Viviana del Dipartimento di Biotecnologie e scienze della vita dell'Uninsubria, abbiamo una collaborazione attiva sull'inibizione di biofilm batterici.

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In collaborazione con il Dr. Dimitrios Terzis, co-fondatore di Medusoil e leader nel settore della biocementazione, lavoriamo insieme al progetto di ricerca sui ceppi microbici in grado di precipitare calcite.

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In collaborazione con Giovanni Arioli, CEO della Laborex SA di Ligornetto e partner industriale nella tematica della digestione anaerobica di matrici zootecniche. 

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In collaborazione con l'Ufficio del Medico Cantonale e l'Ufficio del Veterinario Cantonale, ci occupiamo dell'elaborazione e attuazione di strategie volte a tutelare la salute pubblica e animale qualora fosse messa a rischio da malattie trasmesse da vettori.

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In collaborazione con l'Ufficio della Natura e del Paesaggio e la Fondazione Bolle di Magadino, ci occupiamo dei censimenti faunistici dei vettori nelle aree naturali e dell'attuazione di misure di controllo in caso di inconvenienti per la popolazione.

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In collaborazione con il Centro Nazionale di Dati e Informazioni sulla Fauna, ci occupiamo della coordinazione e validazione dei dati sui culicidi (zanzare) necessari per il database svizzero.

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Collaboriamo con il Swiss Tropical and Public Health Institute per i sistemi nazionali di sorveglianza e controllo delle zanzare invasive, in particolar modo in seno alla Rete Svizzera Zanzare, e concetti One Health.

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Collaboriamo con il TDR – World Health Organization (WHO) per elaborare nuove tecniche che possano rendere sia più efficiente la sorveglianza di zanzare vettrici di importanti malattie a livello globale (tecnica del riconoscimento ottico delle uova) e che il loro controllo (tecnica del maschio sterile).

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In collaborazione con il Prof. Anupam Sengupta della Physics of living matter dell'Università del Lussemburgo, il background in matematica consente di approcciare tematiche simili, come per esempio il processo di bioconvezione oppure il ruolo della luce per le differenti cellule fotosintetiche, da un altro punto di vista. Questa collaborazione interdisciplinare è un importante valore aggiunto per le ricerche scientifiche sull’ecologia dei batteri fotosintetici anossigenici presenti nel lago meromittico di Cadagno.

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In collaborazione con il Department Surface Waters, con particolare attenzione al monitoraggio e alla modellizzazione dei parametri abiotici fisici insieme al Prof. Damien Bouffard dell'Aquatic Physics Group, e dei parametri biogeochimici in collaborazione con il Dr. David Janssen dell'Aquatic Geochemistry.

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Collaborazione con la Molecular Ecology Group (CNR-IRSA Pallanza) in diversi progetti di ricerca, nei temi della biodiversità e ecologia microbica e la conservazione degli ecosistemi acquatici.

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Collaborazione con il Dipartimento Ecologia Acquatica della EAWAG in diversi progetti di ricerca, per esempio per studiare la biodiversità ed ecologia funzionale dei piccoli corsi d'acqua, o nel biomonitoraggio della biodiversità acquatica.

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Collaborazione con la Hydrobiology group of Fondazione Edmund Mach nella ricerca e l'insegnamento della biodiversità d'ecosistemi acquatici alpini, per esempio nel Val Piora e nel Parco Nazionale Svizzero. 

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L'Istituto vanta inoltre una collaborazione di lunga data con l'Ufficio dei corsi d'acqua per la valutazione degli ecosistemi d'acqua dolce e della loro biodiversità.

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Abbiamo collaborazioni di lunga data con il Dr. Michael Döring e il Dr. Diego Tonolla del gruppo di ecoidrologia sull'ecologia fluviale applicata.

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Lavoriamo da diversi anni con la ditta TIBIO Sagl di Comano, per la quale svolgiamo vari servizi di analisi e identificazioni di microorganismi, e occasionalmente dei progetti di ricerca utili per i loro obiettivi. Grazie a questa collaborazione molto lunga, si è instaurato un rapporto di fiducia tra i nostri due gruppi. 

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Lo SMIC ha sede negli stessi laboratori del nostro Istituto (sede di Bellinzona). Grazie a questa prossimità, svolgiamo giornalmente un servizio di identificazione di batteri tramite spettrometria di massa MALDI-TOF. Collaboriamo anche per lo sviluppo di progetti comuni. 

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Su mandato del Dipartimento del Territorio, da diversi anni, il nostro Istituto svolge un'attività di monitoraggio di laghi e fiumi per la determinazione di organismi e geni di resistenza agli antibiotici.  

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L'Istituto di Ricerca Sulle Acque di Verbania è molto legato al nostro settore, in particolare al gruppo di Ambiente naturale. In effetti, svolgiamo entrambi lavori di servizio e progetti di ricerca legati all’ambiente acquatico. Le resistenze agli antibiotici sono particolarmente d’attualità. 

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Lavoriamo con l'Ufficio della consulenza agricola (UCA) da molti anni, l'UCA si affida a noi per il controllo delle colture vegetative usate per la produzione di formaggi ticinesi. Questo servizio si svolge settimanalmente nei nostri laboratori di Bellinzona. Inoltre, in collaborazione con l'UCA, ci occupiamo di vari progetti legati al contenuto microbiologico dei formaggi d'Alpe ticinesi e del loro eventuale legame con le condizioni microclimatiche delle cantine di stagionamento.  

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